Les origines de la chapelle remontent au début du XVIe siècle, avec la construction d’un couvent et d’une chapelle par des sœurs cisterciennes. Abandonné au milieu du siècle, l’ensemble fut occupé par des sœurs clarisses qui durent également quitter les lieux en raison de la dégradation des bâtiments. Ces dernières firent construire une nouvelle chapelle et un couvent à proximité, la chapelle Sainte-Claire.

En 1669, les sœurs visitandines, ayant besoin de plus d’espace, s’installèrent près du couvent des Augustins sous la protection de l’Évêque de Genève. Entre 1680 et 1685, elles bâtirent un nouveau couvent et une chapelle sur les ruines des anciens bâtiments, nommés Saint-François de Sales. Les visitandines y restèrent jusqu’à la Révolution française, moment où elles déménagèrent à la chapelle Sainte-Claire.

En 1812, Eugène Spitalieri de Cessole transforma l’ancien couvent et la chapelle en un établissement de soupes économiques pour nourrir les pauvres. Malgré l’état délabré des lieux, il parvint à les restaurer et y rassembla des filles orphelines ou abandonnées. En 1819, il obtint l’autorisation de fonder une œuvre, appelée Filles de la Providence, dédiée à l’accueil et à l’éducation des jeunes filles démunies. Elles y recevaient une instruction religieuse et morale ainsi qu’une éducation primaire. Cette œuvre, soutenue par des dons et par les activités des jeunes filles, fut approuvée par le roi Victor-Emanuel le 30 mai 1820.

L’activité de la Fondation de Cessole se poursuivit jusqu’à la fin du XXe siècle. En 1995, elle déménagea dans la plaine du Var avec la construction du lycée professionnel et technologique La Providence. Suite à une opération immobilière, une partie des bâtiments vétustes fut démolie, mais la chapelle et certains locaux subsistent. Depuis 2002, ces bâtiments abritent le Centre culturel de la Providence, géré par l’association La Semeuse.